Santa Rosa de Lima nació el 30 de abril de 1586 en la vecindad del hospital del Espíritu Santo de la ciudad de Lima, entonces capital del virreinato del Perú. Su nombre original fue Isabel Flores de Oliva. Era una de los trece hijos habidos en el matrimonio de Gaspar Flores, arcabucero de la guardia virreinal, natural de San Juan de Puerto Rico, con la limeña María de Oliva. Recibió bautismo en la parroquia de San Sebastián de Lima, siendo sus padrinos Hernando de Valdés y María Orozco.

En compañía de sus numerosos hermanos, la niña Rosa se trasladó al pueblo serrano de Quives, en la cuenca del Chillón, cuando su padre asumió el empleo de administrador de un obraje donde se refinaba mineral de plata. Las biografias de Santa Rosa de Lima han retenido fijamente el hecho de que en ese pueblo, que era doctrina de frailes mercedarios, la joven recibió en 1597 el sacramento de la confirmación de manos del arzobispo de Lima, Santo Toribio Alonso de Mogrovejo, quien efectuaba una visita pastoral en la jurisdicción.

Ocupándose de la "etapa oscura" en la biografía de Santa Rosa de Lima, que corresponde precisamente a sus años de infancia y adolescencia en Quives, Luis Millones ha procurado arrojar nueva luz mediante la interpretación de algunos sueños que recogen los biógrafos de la santa. Opina Millones que ésa pudo ser la etapa más importante para la formación de su personalidad, no obstante el hecho de que los autores han preferido hacer abstracción del entorno económico y de las experiencias culturales que condicionaron la vida de la familia Flores-Oliva en la sierra, en un asiento minero vinculado al meollo de la producción colonial. Probablemente, esa vivencia (la visión cotidiana de los sufrimientos que padecían los trabajadores indios) pudo ser la que dio a Rosa la preocupación por remediar las enfermedades y miserias de quienes irían a creer en su virtud.